日本的捕鲸历史可以追溯到8000多年前的绳文时代，在当时的近畿地区（和歌山）与北陆地区（富山）都出土过大量的鲸骨、鲸皮等捕鲸遗存物。古代日本的生产力不发达，捕鲸的数量极为有限，所以捕鲸乃至吃鲸肉的传统仅限于沿海地区。

日本商业捕鲸始于17世纪，远洋捕鲸始于1934年，当时第一支远洋捕鲸船队驶往南极洋。此后远洋捕鲸事业不断发展、壮大并采用国外捕鲸新技术。1938～1939年，6艘远洋捕鲸船驶往南极洋，那年捕杀了2665头蓝鲸、3344头长须鲸、883头座头鲸和647头抹香鲸。

二次世界大战期间，日本远洋捕鲸暂停。战后，日本约310万人口死亡，40％财富被毁，1300万人失业，经济崩溃，民不聊生，民众的营养缺乏至极。1945年底，为了改善日本国民的食品供应，美驻日盟军总司令麦克阿瑟鼓励日本恢复远洋捕鲸，成立北太平洋远洋捕鲸队。大量的捕鲸帮助日本解决了食物匮乏问题，为当时的日本人提供了宝贵的蛋白质。远洋捕鲸业的发展也为九州、四国等南部地区的渔民解决了就业问题。1946年的捕鲸季，日本共捕获了1175头蓝鲸和巨头鲸，生产了将近3100吨鲸产品。而这仅是开始！1965年，日本捕鲸量达26980头。1980-2000年共捕鲸四十多万头，占世界总量的75％。

1982年国际捕鲸委员会通过了“全面暂停商业捕鲸决定”，日本远洋捕鲸开始走下坡路。

冰岛和挪威是仅有的两个公开承认商业捕鲸的国家。但是世界对日本人捕鲸的行径指责更多，因为日本人进入了禁猎区，捕杀了很多小须鲸，同时还谎称那是科研行为。尽管遭全世界的反对，但日本仍然每年以科学研究为名大量捕杀鲸类。